Da dækningsafgiften opkræves på baggrund af et foreløbigt beskatningsgrundlag, således at dækningsafgiften kan ændres, når de endelige vurderinger kommer, er det vigtigt at være opmærksom på efterreguleringen i aftalerne med lejere. 

Efterregulering af dækningsafgift er også relevant i forbindelse med køb og salg af ejendomme med dækningsafgiftpligtige aktiviteter, fordi reguleringen sker i forhold til ejeren på reguleringstidspunktet.

Endelig er der på især større og blandende ejendomme det praktiske spørgsmål om fordelingen af dækningsafgift på eksisterende lejere, når afgiften opkræves på baggrund af ejendommens grundværdi og ikke dens bygningsværdi.

Hvis man mener, der er ansat en for høj grundværdi på ejendommen, kan man klage i vurderingsklagesystemet. Klagefrister er 6 uger fra meddelelsen er modtaget.

Ejendoms-vurdering.dk bistår med klagesager herom.